קרן ההשתלמות מעבירה למשתלם במהלך שנת ההשתלמות את התשלומים כפי המקובל, לקרן הפנסיה שהוא חבר בה.

לכן על המשתלם, לפני יציאתו לשנת השתלמות, להודיע לקרן ההשתלמות , את שמה המדוייק של קרן הפנסיה שלו .

אי מסירת שם קרן הפנסיה בהתאם להפרשות מעסיקך ערב היציאה לשבתון, עלולה לפגוע בזכויותייך הפנסיוניות .

הקרן משלמת את חלקו של העמית וגם את חלקו של המעסיק.

שיעורי התשלום לקרן הפנסיה נקבעו על פי היקף משרה ממוצע שעל פיו מחושב מענק ההשתלמות שמשלמת הקרן לעמית המשתלם.
תשלום זה משלמת הקרן מידי חודש במשך חודשי תקופת ההשתלמות.  (לבעלי קרן צוברת)

בעלי פנסיה צוברת ייראו שורת הפרשה לפנסיה בתלוש המענק החודשי.

לבעלי פנסיה תקציבית אין הפרשה כל חודש, אלא בתום השבתון יש לוודא שנוספה "שנת ותק לפנסיה".
נושא ההפרשה לבעלי הפנסיה התקציבית נמצא בדיון משפטי בין הסתדרות המורים למשרד החינוך. טרם התקבלה פסיקה בנושא.
ניתן לפנות בפורטל עובדי הוראה, לבקש אישור נתוני העסקה, ולבדוק שהזכויות לפנסיה נצברו עבור שנת השבתון כמו בשנים אחרות.